1958年,东莞县档案馆成立,负责对全县档案收集、整理、保管、提供利用和对档案工作进行业务指导。
1985年,东莞撤县设市,原县档案局、县档案馆改称市档案局、市档案馆,市档案局与市档案馆实行局馆合一体制。
2004年,市档案局(馆)搬迁到市行政办事中心,并建立内部办公系统,逐步实现局务馆务由手工方式向现代化管理方式转变。
2012年,市档案局(馆)正式进驻档案大楼,20多万卷档案全部安全运抵新档案馆,实现档案零污染、零丢失、零涉密的目标。
2019年,根据《东莞市机构改革方案》精神,市档案局调整为在市委办公室挂牌,市档案馆作为市委直属事业单位。2019年1月22日,市档案馆正式挂牌。
为落实绿美广东生态建设的部署要求,2月5日上午,市档案馆开展“绿美莞邑党员先行”主题党日活动,组织全体党员群众到东城牛山社区开展义务植树活动,同时在本馆周边绿地开展绿化美化活动,充分发挥党支部战斗堡垒作用和广大党员先锋模范作用,争当绿美莞邑的积极参与者和模范践行者。